دوره دوم اين حكومت است كه در آن، آزادى عمل بيشترى براى شيعيان ديده مى‏شد.
عصر سلجوقيان در تاريخ تشيّع، به مثابه دوران گذارى بين حكومت آل بويه و مغول است كه در اين دو حكومت، شيعيان از آزادىِ نسبى‏اى برخوردار بودند. پس از صد و سيزده سال حاكميت خاندان شيعى مذهب بويه، حاكميت سياسى، به دست گروهى مى‏افتد كه در آغاز با گرايش شيعيانْ ناسازگار بودند و توان نظامى خود را در خدمت خلفاى عبّاسى مى‏گذاشتند. در واقع، شيعيان دوازده امامى، با خشونت حكّام سلجوقى روبه رو شدند، حتّى شيخ طوسى مجبور به ترك بغداد و اقامت در نجف شد و از نظر اجتماعى - آن‏گونه كه از متون فرقه‏شناسى بر مى‏آيد - ، شيعيان، مورد تحقير و گاه تكفير اكثريت سنّى‏مذهبان قرار مى‏گرفتند.
با اين حال، در طول حكومت سلجوقيان، به تدريج نگرش نسبت به شيعيان، دگرگون گرديد. آنان به مناصب ادارى راه يافتند و پس از قتل نظام الملك (485ق) برخى به وزارت رسيده و حتّى در برگزارى مراسم مذهبى خود (نظير بيان مناقب امير مؤمنان عليه السلام و بزرگداشت قيام حسينى) آزادى عمل داشتند و توانستند به رويارويى با مخالفان انديشه‏هاى خود بپردازند. موقعيت آنان به گونه‏اى تقويت گرديد كه نه تنها آخرين وزراى واپسين سلاطين سلجوقى، امامى‏مذهب بودند، بلكه وزيران خليفه عبّاسى ناصر (575 - 622ق) نيز به اين مذهب روى آوردند. علاوه بر وجود اميران شيعى‏مذهب در دوره سلجوقيان، خود شيعيان نيز از اقتدار سياسى برخوردار بودند و با اشتغال به مناصب ديوانى در حكومت سلجوقى، بر اين اقتدار افزودند.
در حقيقت، تاريخ سلجوقيان با اين بدفهمى همراه شده است كه آنان در سراسر دوران سلطنت خود به مقابله با شيعيان مشغول بوده‏اند، در حالى كه با بررسى‏هاى دقيق، به گونه عمل آنان با شيعيان پى برده و در نهايت، به دو رويكرد يادشده مى‏رسيم.
به تدريج با آمدن مغولان، تصوّف و تسامح دينى گسترش يافت و با بر كنارى خلافت عبّاسى، تشيّع و شريعت‏گرايى، به رشد خود ادامه داد، به گونه‏اى كه از آن پس