پس از رفع نواقص که گاه چند ماه طول می‌کشد، موضوع مورد تحقیق، به مؤلف باز می‌گردد و متناسب با یافته‌های جدید، سامان‌دهی نهایی صورت می‌پذیرد و تنظیم اولیه، گاه، تقویت و تکمیل می‌گردد و گاه، تغییر اصولی می‌یابد.
3. نقد
در صورتی که پس از تنظیم ثانویه، نقصی مشاهده شود، مجدداً پژوهشگر همکار، برای رفع آن اقدام خواهد کرد (این اقدام ممکن است بارها تکرار شود). در غیر این صورت، حاصل کار، برای نقد و ارزیابی به یک یا دو کارشناس، ارائه و متن، طبق آیین‌نامه خاصی، نقد می‌گردد و پس از نقد متن، اگر ضرورت داشته باشد، اصلاحاتی انجام می‌گیرد.
4. مصدریابی (تخریج) و انتخاب متون
یکی از مراحل مهم تدوین متون روایی در پژوهشگاه قران و حدیث، تخریج یا مصدریابی (منبع‌یابی) متون روایی است. در این مرحله، پژوهشگر دیگری از طریق برنامه‌های نرم‌افزاری، برای یافتن مصادر (منابع)، جستجو می‌کند. سپس جامع‌ترین، استوارترین و کهن‌ترین مصدر را انتخاب می نماید و نشانی مصادر یافت‌شده را بر اساس میزان اعتبار آن‌ها، تنظیم می‌کند و اگر متن قوی‌تری یافت شد، جایگزین متن اصلی می‌گردد و گزارش‌های مکرر را جز در مورادی چند (مانند وجود نکته مهمی در متن جدید یا تفاوت لفظی در متونی که از طریق شیعه و اهل سنّت نقل شده‌اند) حذف می‌نماید.
5. نگارش توضیحات و تحلیل های مورد نیاز
مرحله دیگر در تدوین این مجموعه و نیز دیگر دانش‌نامه‌های روایی در دار الحدیث، تهیه بیان‌ها و تحلیل‌های مورد نیاز است که پس از تشکیل پرونده علمی، توسط مؤلف یا دیگر پژوهشگران، انجام می‌شود.
لازم به ذکر است، پژوهش‌های این شناخت‌نامه، در گروه تفسیر پژوهشکده علوم و معارف حدیث و نیز توسط مؤلف، بررسی و تغییرات لازم اعمال و در بعضی موارد، ادغام شده است. نام کسانی که در نگارش هر یک از تحلیل‌ها، همکاری و نقش مؤثر داشته‌اند، در پانوشت کتاب ذکر شده است.
