ميرداماد مى نويسد كه در كتاب هاى مافوق الطبيعه, با برهان يقينى ثابت شد كه خداوند متعال, در مجد و كمال و عزّ و جلال, غير متناهى است و هرچه را كه عقل فرض كند, خداوند به نحو غير متناهى, بالاتر از آن است:
وكذلك آية مرتبة فرضها العقل من مراتب تلك اللاتناهيات فانها و مافوقها الى لانهاية اللاتناهيات من كل جهة متحقّقة هناك بالفعل فى وحدة صرفة حقة.
كسى كه در شناخت به مرتبه اى رسيد كه خداوند را كمال و فوق كمال و تمام فوق تمام دانست, اميد است كه به مرحله خروج از نصاب تحديد و تشبيه برسد.
ميرداماد, پس از بيان مطالب فوق, مى گويد اگر آنچه را كه گفته شد, فهميدى, كلام مولايمان امام صادق(ع) كه فرمود: (أكبر من كل شىءٍ حدّدته) را خواهى فهميد. اين فرمايش امام صادق(ع) بيانى است كه با بليغ ترين وجه, به همان مطلبى كه در بالا بدان اشاره شد, پرداخته است.
او در ادامه, درباره حديثى مرسل از امام رضا(ع) مى گويد كه نظير اين احاديث, برتر از آن هستند كه نياز به سند داشته باشند و ارسال سند, مشكلى براى روايتْ ايجاد نمى كند چون متن اين روايات, آسمانى است و خود روايت, گواه است بر اينكه از منبع وحى سرچشمه گرفته است. چنان كه «نهج البلاغه», خود, بزرگ ترين شاهد بر مسند بودن خويش است.
ميرداماد, در ذيل روايت دوم از باب «الحركة والانتقال», روايتى درباره معراج پيامبر(ص) نقل مى كند كه راوى, سؤال هايى درباره آيات سوره نجم پرسيده است و حضرت كاظم(ع), بدانها پاسخ مى دهد.
او در تفسير روايت سوم از روايات همين باب, درباره لزوم «وليّ» بعد از پيامبر, مباحثى را مطرح مى كند و عنوان مى كند كه بر پيامبر(ص) واجب بود كه معارف الهى را به بيانى عامّه فهم, بيان كند و مسائل غامض حِكمى و اسرار را در بطون آن كلمات قرار دهد تا هر صاحب بصيرتى به ميزان انديشه اش از آنها بهره مند شود; سپس اوصيا و اولياى آن   حضرت, پرده ها را كنار زنند و اسرار را بر ملا كنند. پس تبليغ رسالت, مرتبه نبى و رسول است و كشف و تأويل, وظيفه وصى و ولى. بدين جهت است كه پيامبر(ص) به امام على(ع) فرمود:
انّك تقاتل على تأويل القرآن كما أنا قاتلت على تنزيله.
وى در پايان تعليقه بر حديث هفتم از «باب العرش والكرسى», در تشريح عبارت «انّ اللّه حمل دينه و علمه الماء», اظهار مى دارد كه در بسيارى از آيات و روايات, لفظ آب بر علم و عقل قدسى, و لفظ «ارض» بر نفس مجرد ـ كه در حقيقت, پذيراى علوم و معارف است ـ اطلاق شده است. از همين موارد است قول خداوند كه در آيه پنجم سوره حج مى فرمايد:
و ترى الأرض هامدة فاذا أنزلنا عليها الماء اهتزت و ربت وأنبتت من كل زوج بهيج.
در باب وحدت عددى خداوند, روايات متعددى آمده است. از جمله, روايت معروفى كه در روز جمل, كسى برخاست و از امام على(ع) درباره توحيد خداوند سؤال كرد و حضرت على نيز بدو پاسخ داد و وحدت عددى را از خداوندْ نفى نمود.
و روايت پنجم از باب «جوامع التوحيد» آمده است:
الواحد بلا تأويل العدد.
ولى جمله اى از امام سجاد(ع) در «صحيفه سجّاديه» نقل شده است كه:
لك يا الهى وحدانية العدد.
بوعلى سينا نيز در الهيات «شفا» برخلاف كتب ديگرش قائل به وحدت عددى شده است.
ميرداماد, ضمن تعليقه بر اين روايت, وحدت عددى را از خداوند نفى مى كند و عبارت «صحيفه» را خلاف نصوص در ديگر مواضع مى داند. او بدون توضيحى افزون بر آنچه ذكر شد, تلويحاً به عدم صدور جمله فوق از امام سجاد(ع) اشاره دارد و دليل خلاف بودن عبارت «صحيفه» را آيه «لقد كفروا الذين قالوا انّ اللّه ثالث ثلاثة» مى داند.
در بحث از روايت ششم همين باب, در مورد جمله «خالق اذ لا مخلوق», معتقد به دو نحو خالقيت براى خداوند   مى شود: 1) خالقيت ذاتى كه از صفات ذات است; 2) خالقيت اضافى كه از صفات فعل است.
او در روايت هفتم از همين باب, به توضيح جمله «بديع لم يكن» مى پردازد و با بيان اين مطلب كه خداوندْ جهان را يكجا آفريده است, اظهار مى دارد كه تقدم و تأخّر, فقط در موجوداتِ زمانى تحقّق پيدا مى كند و اين نكته را مطابق مذهب حكما و برخى از معتزله (نظير نظّام) مى داند.
ميرداماد با نقل كلام شهرستانى, به توجيه عقايد معتزله مى پردازد و مى نويسد:
لو كان قال والتقدم والتأخّر انّما يقع فى حدوثها الزمانى دون حدوثها الدهرى لكان قد أصاب سرّ الحق من الحكمة.
آن گاه, داستانى را از «كشّاف» زمخشرى نقل مى كند كه عبداللّه بن طاهر به حسين بن فضل گفت: از آياتى كه فهم آن براى من مشكل است, آيه «كل يوم هو فى شأن» است. حسين در جوابش گفت:
أما قوله «كل يوم هو فى شأن» فانّها من شؤون يبديها لاشؤون يبتديها.
عبداللّه برخاست و پيشانى او را بوسيد.