و مراد از كلمه «كُن» غير از تعيّن دادن به شى‏ء عينى (عين ثابت) نيست... و بالجمله امام هدايتگرى است كه به امر ملكوتى كه همراه اوست، هدايت مى‏كند.پس امامت به حسب باطن، نحوه‏اى از ولايت بر مردم در اعمال ايشان و هدايت آنها براى رساندن به مطلوب است به امر خداوند. (23: ج 1، ص374 ـ 375)
مرحوم طباطبايى با عطف چند آيه به يكديگر و تفسير برخى آيات با آيات ديگر، سعى در ارائه معناى جديدى از امامت دارد. ايشان امامت را به معناى هدايت مردم به سمت كمال مطلوب آنها همراه با نوعى تصرّف تكوينى مى‏داند؛ امّا روايات اهل بيت عليهم ‏السلام مقام امامت را به مقام فرض الطاعه و حقّ امر و نهى بر موجودات مختار معنا مى‏كنند. در اين تعريف، شخص با اراده و اختيار خود بايد از اوامر و نواهى امام تبعيّت كند و به هيچ عنوان، از تصرّف تكوينى در قلوب افراد، به هدايت تعبير نشده است. البتّه مسلّم است كه امامت از ديدگاه روايات، انحصار در مقام فرض الطاعه ندارد؛ بلكه جهات ديگرى ـ به ويژه در جنبه هدايتى و علمى امام ـ وجود دارد؛ امّا به نظر نمى‏رسد سخن علّامه طباطبايى در اين جهت بوده باشد. در هر صورت، وجوب طاعت، حقّ امر و نهى و مقام افتراض الطاعه بالاترين منزلت نزد خداى تعالى است و اين مطلب در روايات ذيل آيه حضرت ابراهيم عليه ‏السلام براى امامت ذكر شده است. امّا اين سخن كه منظور از امامت در آيه كريمه، تصرّف تكوينى در قلوب و ايصال الى المطلوب است، قرينه مناسبى ندارد و از روايات اهل بيت عليهم ‏السلام نيز چنين مطلبى استفاده نمى‏شود.
علّامه طباطبايى با استناد به آيات «إِنَّما أَمْرُهُ إِذا أرادَ شَيْئا أَنْ يَقُولَ لَهُ كُنْ فَيَكُونُ» و «وَما أَمْرنا إِلّا واحِدَة» مراد از امر را امر تكوينى مى‏داند و آن را به امر در «وَجَعَلْناهُمْ أَئِمَّةً يَهْدُونَ بِأَمْرِنا» تعميم و تسرّى مى‏دهد و نتيجه مى‏گيرد كه مراد از «يهدون بأمرنا» هدايت تكوينى افراد به امر خدا و با تصرّف در قلوب آنهاست؛ در صورتى كه ظاهر آيات، از هدايت افراد به واسطه امر و نهى تشريعى حكايت دارد و روايات