با وصف کمال علمى و عملى، سرى به شعر پرداخته و شعر داشته. با ميرداماد اشراق، او را بسى مناظرات و مشاعرات واقع شد، چنانکه در مصنفات خود، هر جا به طعن فلاسفه و حکما زبان گشاده، مشاراليه آن، ميرِ اشراق است.
آورده‌اند که روزى شيخ، در مقبره بابا رکن الدين اصفهانى، به نماز قيام داشته، آوازى از آن خاک پاک شنيد که اين همه غفلت چيست؟ وقت تيقظ و بيداريست، در دل شيخ کار کرده و از همان روز، دامن دل از اختلاط اهل دنيا برچيد و به خدا مشغول شد، و چيزى برنيامد که بستر بيمارى واکشيد و در دوازدهم شوال، زندگى را وداع گفت و در ارض مقدس مشهد معلّى، مدفون گشت ^۱ .
تاريخ واقعه او، شيخ عماد الدوله ابوطالب، چنين گفته:


رفت چون شيخ ز دار فانى
گشته ايوان جنابش ماواى
دوستى جست زمن تاريخش
گفتمش شيخ بهاءالدين واى
جمله «شيخ بهاءالدين واى»، به حساب ابجدى، برابر با 1030 مى‌شود که سال فوت شيخ است.

2.طوطي نامه شيخ بهائى، اثرى مجعول

شيخ بهايى، به دو زبان فارسى و عربى شعر مى‌سرود؛ ولى اعتنايى به جمع آورى اشعارش نداشت. بعد از وى، محمّد رضا حرّ عاملى، فرزند شيخ محمد حسن حرّ عاملى (صاحب وسايل الشيعه)، آثار منظوم وى را جمع آورى نمود که متأسفانه، نسخه اى از آن، تا به حال شناسايى نشده است.
پس از آن، اشعار فارسى شيخ بهايى، از سوى سعيد نفيسى جمع آورى گرديد. بر حسب اطلاعاتى که وى به دست داده، اشعار فارسى شيخ بهايى، چنين است:
1. مثنوى طوطى نامه، شامل 1434 بيت.
2. نان و حلوا يا همان سوانح سفر حجاز، شامل 408 بيت.
3. شير و شکر، شامل 141 بيت.
4. نان و پنير، شامل 309 بيت.
5. اشعار پراکنده، شامل 261 بيت.
مرحوم نفيسى، در پايان مى نويسد: «از اين قرار، تاکنون 2553 بيت شعر فارسى، از بهايى، به دست ما رسيده است» (احوال و اشعار شيخ بهايى: ص 86) .
همچنين، اشعار عربي وى نيز، توسط دکتر محمد تنوجى، جمع آورى و جداگانه به چاپ رسيده است(بهاء الدين العاملى، اديباً، شاعراً، عالماً: دکتر محمد التنوجى ). با همه اين تلاشها، هنوز استقصاى کاملى از آثار منظوم شيخ بهايى، به عمل نيامده است.