المقنعة استادش مفيد را آغاز كرد و شرح كتاب طهارت و باب اوّل كتاب صلات آن را به اتمام رسانيد.
پس از وفات شيخ مفيد، زعامت علمى و دينى شيعه به شاگرد مبرز او سيّد مرتضى علم الهدى رسيد و شيخ طوسى با راه يافتن به محضر وى 23 سال از حوزه درسش به ويژه در كلام، فقه و اصول بهره جست. از ديگر استادان و مشايخى كه شيخ طوسى كم و بيش از آنان استفاده كرده است و در كتاب هاى خود به عنوان مشايخ حديث از آنان ياد كرده است افراد زير را مى توان نام برد:
ـ ابوالحسن على بن احمد بن ابى جيد (زنده در 408ق)،
ـ احمد بن محمد بن موسى، ابن صلت اهوازى (م409ق)،
ـ حسين بن عبيد الله غضائرى (م411ق)،
ـ احمد بن عبدالواحد (ابن عبدون) (م423ق)،
ـ ابوالقاسم على بن شبل بن اسد وكيل،
ـ ابوالفتح هلال بن محمد حفار،
ـ جعفر بن حسين بن حسكه قمى.
سيّد مرتضى به سال 436ق، در سن هشتاد سالگى به سراى باقى شتافت و شيخ طوسى كه اينك 51 سال سن داشت، زعامت علمى و دينى شيعه را به عهده گرفت و دوازده سال در بغداد به انجام اين مهم مشغول بود. در سال 447و 448ق، بر اثر بروز اختلاف بين شيعه و سنى و دگرگونى اوضاع سياسى و انتقال قدرت از آل بويه به سلجوقيان سنى مذهب، سلجوقيان آتش فتنه مذهبى را بر افروختند و با تحريك عوام در بغداد شورش هايى ضد شيعه به راه انداختند و طى آن كتابخانه شيعه كه ابو نصر شاپور بن اردشير وزير بهاءالدوله بويهى آن را تأسيس كرده بود در آتش سوخت و دامنه فتنه چنان گسترش يافت كه دامن شيخ طوسى را نيز گرفت؛ اموال و كتابخانه وى غارت گرديد و به آتش كشيده شد وعده زيادى از شيعيان كشته و مجروح شدند. شيخ طوسى ناگزير به نجف اشرف مهاجرت كرد و دوازده سال آخر عمر خود را در نجف اشرف به انجام وظايف علمى