بعد قيام مؤسسة البحوث الإسلامية للحضرة الرضوية المقدسة في عام 1984م، تجلت الحاجة إلى وجود مكتبة مرجعية لدعم هذه المؤسسة. من هنا تم تأسيس المكتبة المرجعية للمؤسسة في السنة نفسها وأخذت بالعمل بدعم من إدارة المؤسسة وجهود ثلة من محبي العلم.
وعلى أثر ذلك جرت جهود حثيثة لجمع وترتيب مجموعة غنية من المصادر تفي بحاجة الباحثين وفرق البحوث العاملة في هذا المركز العلمي. وقد تم إلى الآن جمع 38000 مجلد من الكتب المرجعية وأصول البحث باللغات الأجنبية والعربية في مجال علوم القرآن والتفسير، الحديث وعلومه، الفقه، أصول الفقه، الكلام، الفلسفة، الأدب، التاريخ وسيرة المعصومين (ع) وغيرها، وتمت فهرستها وتصنيفها لتكون في متناول أيدي الباحثين الجامعيين والحوزويين.
مساحة المكتبة المرجعية للمؤسسة هي نحو من 700 متر مربع، حيث تشتمل على الأقسام التالية: أمانة المكتبة، الإدارة، الفهرسة، قاعة المطالعة، المجلات والجرائد. ويبلغ عدد العاملين في المكتبة ـ بوقت كامل أو نصف وقت ـ عشرة أشخاص يعملون في مختلف أقسام للمكتبة.
المكتبة مصنّفة على نظام الكونغرس الأمريكي، وتعمل بنظام الرف المفتوح ليتسنّى للباحثين مشاهدة كل الكتب المتوفرة في موضوع من الموضوعات معاً. كما توجد إلى جانب ذلك أدراج تحتوي بطاقات الكتب الموجودة مرتبة بحسب الموضوع والعنوان والمؤلف، بحيث إذا أراد الباحث العثور على كتب التفسير الشيعية في قرون مختلفة، لوجد كل هذه التفاسير إلى جانب بعضها مرتبة بحسب تسلسلها الزمني.
قسم فهرسة الكتب يعمل على إدارته مفهرسون متمرسون، كما أن عملية إعداد الكتب كالبطاقات وما شابه تمم بأسرع وقت وبأفضل شكل ممكن. وقد أعدّ هذا القسم إلى الآن ثلاثة مجلدات ببليوغرافية موضوعية للمكتبة ليضعها في متناول المكتبات والمعنيين بشؤون الفهرسة. كما يقوم هذا القسم بفهرسة بطاقات كتب مؤسسة البحوث الإسلامية والمعاونية الثقافية للحضرة الرضوية المقدسة.
القسم الإداري يتكفل بمراسلة المراكز العلمية المهمة والمجلات داخل البلاد وخارجها، ويشتمل على الأقسام التالية: التسجيل، الطلبات، المشتريات، والأرشيف. هذا القسم يسجّل احتياجات فرق البحث ليتم العمل على تهيئتها في أسرع وقت ممكن وتكون في متناول أصحاب الطلب من بعد إعدادها.
قسم المجلات يقوم بجمع 120 نوعاً من المجلات العلمية والثقافية والاجتماعية من داخل البلاد وخارجها ليجعلها في متناول أيدي الباحثين، حيث يتم تجليدها ووضعها جميعاً في الأرشيف في نهاية كل سنة. وتعميماً للثقافة السياسية والاجتماعية، ترد المركز كل يوم ثماني نسخ من صحف مختلفة حيث توضع في قسم مطالعة الصحف، ليتم من بعد ذلك تجليدها ووضعها في الإرشيف.
وبالإضافة إلى ما تقوم به أمانة المكتبة من مساعدة الرواد للوصول إلى الكتب التي يحتاجون بأسرع وقت، فإن كل الكتب المعطاة يتم تسجيلها كل يوم لتُدرج في بطاقات خاصة لتكوين إحصائيات عامة في آخر كل شهر ومن ثم في آخر كل سنة.
من أهم نشاطات أعضاء المكتبة هو إعداد فهرس بالكتب الفارسية، حيث تتم متابعة هذا العمل بالتنسيق مع الباحثين في فريق الببليوغرافيا في الموسسة. وفي هذا المشروع الضخم، يتم تسجيل الهويات الببليوغرافية للكتب المترجمة إلى الفارسية من مختلف اللغات من بداية الطباعة وإلى نهاية عام 1991م. هذا العمل هو في نهاياته وسيكون قريباً في متناول أيدي الباحثين والمترجمين والمهتمين.
من الأعمال المستقبلية للمؤسسة هو إصدار مجلة بحوث. هذا المجلة التي تصدر شهرياً تتناول التعريف بفرق البحوث والباحثين في المؤسسة، نقد كتب المؤسسة والكتب الصادرة حديثاً، الأخبار الثقافية، وما هو جديد في عالم النشر.